CentOSのデフォルトFTPサーバーvsftpdは、デフォルトではFTPクライアントから.htaccessなどの.（ドット）から始まるファイルは表示されないようです。
FTPクライアントから見えるようにするには以下の設定をします。

vsftpd設定ファイルのvsftpd.confに以下を追加

あとはvsftpdを再起動することで.（ドット）から始まるファイルが表示されるようになります。