FFFTPを1.98gにアップデートしたら、サーバーにアップロードしたファイルのタイムスタンプがローカルPCと同じになってしまい困ってしまいました。
サーバーにアップロードしたファイルのタイムスタンプをアップロードした時間にするには以下の設定を確認します。

「オプション」→「環境設定」→「転送1」タブ→「アップロード/ダウンロードするファイルのタイムスタンプを維持」のチェックを外します。

これでサーバーにアップロードしたファイルのタイムスタンプがアップロードした時間になります。